Etapa 2 — Sincronizacion biologica
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Que problema resuelve
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El orden que da CPCA es geometricamente correcto pero **biologicamente
arbitrario**: no sabemos donde empieza el "dia" ni en que direccion avanza
el reloj. La sincronizacion ancla el orden a la biologia real.

Como funciona
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Dos ajustes:

1. **Rotacion**: ajustar FMM a los genes core y rotar la escala circular
   para que el pico de ARNTL caiga en una posicion fija (convencion del
   campo).

2. **Orientacion**: determinar si la escala avanza en la direccion
   biologicamente correcta (dia → noche). Si no, invertir. Se usa
   DBP como gen de referencia direccional.

Ejemplo de uso
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.. code-block:: python

   from circust.synchronizer import CircularSynchronizer

   sync = CircularSynchronizer(
       anchor_gene="ARNTL",
       direction_gene="DBP",
   )
   sync_result = sync.run(cpca_result, core_genes)


Referencia API
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Ver :doc:`/api/synchronizer`.