Vision general del pipeline

CIRCUST estima el orden circular (hora interna del reloj biologico) de muestras de expresion genica. El pipeline se compone de 6(7) etapas secuenciales:

Etapa 0 ── Preprocessing
│  Carga, filtrado y normalizacion de la matriz de expresion.
│
v
Etapa 0.1 ── Selección de genes semilla
│  En este momento filtramos por una serie de genes semilla que se consideran gold-standard
│
v
Etapa 1 ── CPCA (Circular PCA)
│  Orden circular preliminar mediante PCA + proyeccion al circulo.
│  Deteccion y eliminacion de outliers mediante ajustes FMM.
│
v
Etapa 2 ── Sincronizacion biologica
│  Rotacion (anclar ARNTL al pico) y orientacion (dia/noche).
│
v
Etapa 3 ── Seleccion de genes TOP
│  Seleccionar los genes mas ritmicos por ajuste FMM/Cosinor.
│  Clasificacion en 8 sectores del circulo.
│
v
Etapa 4 ── Orden robusto
│  K repeticiones con subconjuntos aleatorios.
│  Seleccion (best_k) o agregacion circular (TSP + Hodge + CLM).
│
v
Etapa 5 ── Ajuste final
   Modelos FMM, Cosinor y no parametrico sobre el orden definitivo.
   Tabla de 25 estadisticos por gen.

Cada etapa consume la salida de la anterior y produce un objeto Result con campos con nombre.

Modulos del paquete

Modulo	Etapa
circust.preprocessing	Etapa 0 — Carga y limpieza
circust.core_genes	Etapa 0.1 — Extraccion de genes core
circust.cpca	Etapa 1 — CPCA
circust.synchronizer	Etapa 2 — Sincronizacion
circust.core_genes	Listas de genes reloj centrales
circust.top_genes	Etapa 3 — Genes TOP
circust.robust_order	Etapa 4 — Orden robusto
circust.fitting.fmm	Etapa 5 — Modelo FMM
circust.fitting.cosinor	Etapa 5 — Modelo Cosinor
circust.fitting.ori	Etapa 5 — Regresion isotonica circular
circust.visualization.*	Graficos de cada etapa