Etapa 2 — Sincronizacion biologica¶

Que problema resuelve¶

El orden que da CPCA es geometricamente correcto pero biologicamente arbitrario: no sabemos donde empieza el “dia” ni en que direccion avanza el reloj. La sincronizacion ancla el orden a la biologia real.

Como funciona¶

Dos ajustes:

Rotacion: ajustar FMM a los genes core y rotar la escala circular para que el pico de ARNTL caiga en una posicion fija (convencion del campo).
Orientacion: determinar si la escala avanza en la direccion biologicamente correcta (dia → noche). Si no, invertir. Se usa DBP como gen de referencia direccional.

Ejemplo de uso¶

from circust.synchronizer import CircularSynchronizer

sync = CircularSynchronizer(
    anchor_gene="ARNTL",
    direction_gene="DBP",
)
sync_result = sync.run(cpca_result, core_genes)

Referencia API¶

Ver circust.synchronizer.