Etapa 3 — Seleccion de genes TOP

Que problema resuelve

No todos los genes del genoma son ritmicos. Esta etapa selecciona el subconjunto de genes con patron circadiano significativo (los genes TOP) que se usaran para refinar el orden circular.

Como funciona

1. Ajustar FMM y Cosinor a cada gen sobre la escala circular.

2. Filtrar por R² minimo (calidad del ajuste).

3. Clasificar cada gen superviviente en uno de 8 sectores del circulo segun la fase de su pico.

4. Asegurar cobertura: si faltan genes core, anadirlos forzosamente.

Ejemplo de uso

from circust.top_genes import TopGeneSelector

selector = TopGeneSelector(r2_threshold=0.5)
top_result = selector.run(sync_result, expr_norm, core_genes)

top_result.gene_names       # nombres de los genes TOP
top_result.sector_labels    # sector (1-8) de cada gen
top_result.candidate_matrix # submatriz filtrada

Referencia API

Ver circust.top_genes.